Tožnica je obračunala in plačala trošarino za 10.0785 hl vol100% alkohola, dejansko pa bi morala obračunati in plačati trošarino za 12.0252 hl vol100% alkohola. Pri utemeljitvi navedene ugotovitve se je toženka sklicevala na evidence gibanja zaloge trošarinskih izdelkov in izdanih računov, pri čemer se je po njenih navedbah opirala na nazivno količino predpakiranega izdelka, to je po drugem odstavku 2. člena Pravilnika o količinah predpakiranih izdelkov masa ali prostornina, ki je označena na embalaži, to je količina izdelka, ki naj bi jo predpakirani izdelek vseboval, od katere se obračuna in plača trošarina.
Davčni organ je ugotovil, da gre pri projektih za projekte, katerih namen je razvoj spletnih aplikacij ter da gre za funkcionalno nadgradnjo uporabniških aplikacij. Pravilno je ugotovil, da tožnik ni predložil verodostojne projektne dokumentacije v takšni obliki, da so iz nje dosledno, jasno, konkretno in preverljivo razvidne RR vsebine, RR osebje in ostali viri za RR, RR cilji, RR mejniki, izhodiščno mednarodno RR stanje in RR napredek glede na stanje. Prav tako tožnik tudi ni predložil dokaza o prisotnosti pomembnega elementa novosti in razreševanja znanstvene in/ali tehnološke nejasnosti.
Iz določbe tretjega odstavka 8. člena Pravilnika o uveljavljanju davčnih olajšav za vlaganja v raziskave in razvoj izhaja, da lahko davčni organ glede presoje, ali se konkretno vlaganje kvalificira kot vlaganje v RR, za mnenje zaprosi ministrstvo pristojno za tehnologijo, vendar pa to ni obvezno. Davčni organ je od omenjenega ministrstva pridobil splošna mnenja kot pomoč pri presojanju RR dejavnosti in RR projektov in programov, ki jih je predstavil tožniku z namenom, da mu pomaga pri dokazovanju izpolnjevanja pogojev za uveljavljanje davčnih olajšav za vlaganja v RR.