Sodišče na tem mestu še pripominja, da je naloga strokovne komisije, da projekte strokovno oceni, naloga organa odločanja pa je, da glede na strokovne ocene komisije (ki morajo biti po oceni sodišča tudi vsebinsko obrazložene in ne zgolj številčno, saj bi drugače lahko prišlo do arbitrarnosti) in razpoložljiva sredstva ter pogoje razpisa, odloči o prijavljenih projektih in njihovi upravičenosti do sofinanciranja.
Odločba o razrešitvi direktorja Agencije je upravna odločba, saj jo kot tako opredeljuje že prvi odstavek 24. člena ZJA, zato se šteje, da je postopek razrešitve upravna zadeva.
Izjava o odstopu ima konstitutivni značaj, vendar izjava o odpovedi ne učinkuje, če je preklicana oziroma umaknjena in nasprotna stranka tak preklic oziroma umik izjave prejme (najkasneje) istočasno z odpovedjo.
Izpodbijana odločba se opira na izjavo o odstopu tožnika s položaja direktorja Agencije, vendar ne vsebuje obrazložitve o preklicu odstopne izjave, čeprav je nesporno, da je tožnik naknadno svojo odstopno izjavo preklical. Obrazložitev pravno pomembnega dejanskega stanja je tako pomanjkljiva, saj so v celoti izostali razlogi o razrešitvi tožnika kljub preklicu odstopne izjave.
Iz obrazložitve izpodbijanega akta niti ni razvidno, ali tožena stranka projekta ni sprejela v sofinanciranje, ker ne izpolnjuje spodnje meje doseženega števila točk, ko je projekt še možno sofinancirati ali zaradi omejenih finančnih sredstev. Obrazložitev nadalje ne vsebuje pojasnil za izgubo točk pri posameznih (pod)merilih, torej obrazložitve ocene vsakega od teh (pod)meril, kakor tudi razlogov, zakaj so posamezni člani komisije podelili določeno število točk za posamezno (pod)merilo.
Organ odločanja (na podlagi točkovanja, ki ga je določila komisija in njene ocene prijavljenega projekta), ni konkretizirano obrazložil zakaj tožnica ni bila izbrana, predvsem s konkretizacijo obrazložitve kakšni so razlogi organa (ne razlogi komisije, ki so prav tako izostali), da prav tožnica ni bila izbrana za sofinanciranje projekta.
Po presoji sodišča bi iz sklepa o zavrženju, zato da bi sklep ustrezal zahtevi po obrazloženosti upravne odločbe, moralo konkretizirano in obrazloženo izhajati, zakaj je bila vloga zavržena, torej zakaj je predložena zdravstvena dokumentacija neustrezna in na kakšni podlagi je organ sprejel takšno odločitev. Takšna presoja po mnenju sodišča zahteva presojo medicinskih razlogov, o čemer bi morala presojati komisija ter tozadevno pojasniti, zakaj določena zdravstvena dokumentacija ni ustrezna in iz katerih razlogov, takšno strokovno mnenje komisije pa bi nato upravnemu organu služilo kot podlaga za ustrezno obrazloženo odločbo o zavrženju predloga za opustitev cepljenja.