Agencija mora v postopkih spoštovati tudi temeljna načela ZUP ter zagotavljati spoštovanje ustavnih pravic in svoboščin. Po presoji sodišča bi Agencija predlagani dokaz za zaslišanje priče morala obravnavati in ga izvesti ali pa zavrniti iz zakonsko dopustnih razlogov. Med temi razlogi pa ni dopustna vnaprejšnja dokazna ocena.
Če stranka zatrjuje, da listine, četudi naj bi izkazovale resnično stanje stvari, tega ne izkazujejo, in to stranka izpodbija z drugimi dokazi oz. jih predlaga (npr. zaslišanje prič), mora organ oceniti dokazno vrednost te listine in drugih predlaganih dokazov, ki jih mora zato pred tem tudi izvesti. Ker je v obravnavanem primeru tožnik ugotovljenim dejstvom, ki naj bi izhajali iz listinske dokumentacije ugovarjal in v ta namen predlagal izvedbo drugih dokazov in sicer zaslišanje priče in tudi tožnika, bi morala toženka opraviti ustno obravnavo in izvesti predlagane dokaze.
Tožnik v postopku ni dokazal, da je bilo predmetno dobavljeno blago in storitve uporabljeno za namene njegove obdavčljive dejavnosti, kar je eden od pogojev iz 63. člena ZDDV-1 za uspešno uveljavljanje pravice do odbitka DDV. Tožnik kljub pozivu davčnemu organu ni predložil verodostojnih listin, iz katerih bi izhajalo, da je blago in storitve, ki so ga dobavile slovenske družbe in navedene družbe iz Evropske Unije uporabil za namen svoje obdavčljive dejavnosti.
Davčni organ ni izvedel presoje ali gre za prejemke, ki jih je tožnik dejansko dosegel s svojo aktivnostjo in ali je bila tožnikova aktivnost opravljena z namenom povečanja tožnikovega premoženja s pridobitvijo predmetnih prejemkov. Davčni organ tudi ni ugotavljal, ali sporni prejemki ne sodijo v nobeno izmed zakonsko opredeljenih vrst dohodka, tj. da se da ne šteje za dohodek iz zaposlitve, za dohodek iz dejavnosti, za dohodek iz osnovne kmetijske in osnovne gozdarske dejavnosti, za dohodek iz oddajanja premoženja v najem in iz prenosa premoženjske pravice ter ne za dohodek iz kapitala in ne za dohodek, ki se ne šteje za dohodek po ZDoh-2 oz., da ni dohodek, oproščen plačila dohodnine po ZDoh-2.
Brez pravne kvalifikacije podlage za obdavčenje, zgolj z ugotovitvijo nastale ekonomske koristi s prejemom dohodka, obdavčenje z dohodnino ni mogoče.