Agencija ima strokovni svet in direktorja.
Strokovni svet vodi in nadzira izvajanje sanacije bank in hranilnic.
Strokovni svet sestavljajo predsednik in šest članov. Imenuje jih Izvršni svet Skupščine Republike Slovenije za dobo 6 let in sicer dva člana iz Banke Slovenije, dva člana iz Ministrstva za finance in dva člana izmed strokovnih delavcev s področja bančništva in financ.
Strokovni svet je za svoje delo odgovoren Izvršnemu svetu Skupščine Republike Slovenije.
Direktor sveta vodi poslovanje sveta in organizira njeno delo.
Direktorja imenuje Izvršni svet Skupščine Republike Slovenije.