Akti o notranji organizaciji in sistemizaciji delovnih mest se uskladijo s tem zakonom najpozneje v treh mesecih po uveljavitvi tega zakona. Najpozneje v tem roku ministrstva prevzamejo naloge v skladu s tem zakonom, ustrezne javne uslužbence, opremo, dokumentacijo in prostore.
Do prve spremembe proračuna za leto 2016 oziroma proračuna za leto 2017 se sredstva za delovanje prenesenih delovnih področij zagotavljajo v okviru ministrstev, katerih del so bila ta delovna področja pred uveljavitvijo tega zakona.
Uradniku, ki je z dnem uveljavitve tega zakona na položaju generalnega direktorja v ministrstvu, z uveljavitvijo aktov iz prvega odstavka tega člena, ne glede na določbo četrtega odstavka 83. člena Zakona o javnih uslužbencih (Uradni list RS, št. 63/07 – uradno prečiščeno besedilo, 65/08, 69/08 – ZTFI-A, 69/08 – ZZavar-E in 40/12 – ZUJF), položaj ne preneha, če se direktorat, ki ga vodi, ustanovi v vsebinsko enakem ali zmanjšanem obsegu v drugem ministrstvu.