Skupščina Skupnosti se sestaja na rednih sejah, če jo skliče predsednik na svojo lastno pobudo, na zahtevo Predsedstva, Nadzornega odbora ali tretjine članov.
Seje Skupščine Skupnosti vodi delovno predsedstvo, sestavljeno iz treh članov Skupščine, ki ga izvolijo navzoči na vsaki seji. O poteku seje se na seji piše zapisnik.
Na svojih sejah Skupščina veljavno odloča, če so navzoči predstavniki najmanj polovice vseh članov, odločitev pa je sprejeta, če je zanjo glasovala več kot polovica navzočih.
Z dvotretjinsko večino navzočih odloča Skupščina o sprejemu statuta in drugih splošnih aktov ter o njihovih spremembah in dopolnitvah.
Če ob pričetku seje Skupščine ni zagotovljena prisotnost predstavnikov najmanj polovice vseh članov, se seja prestavi za 30 minut, po preteku tega časa pa Skupščina veljavno odloča, ne glede na število prisotnih predstavnikov članov.
Skupščina o predlogih sklepov glasuje praviloma javno, če se ne odloči za tajno glasovanje.
Potek seje Skupščine, pravila za pisanje zapisnika in način sprejemanja sklepov ter glasovanja določa Poslovnik za delo Skupščine Skupnosti muzejev Slovenije.
Izjemoma, ko seje ni mogoče izpeljati, odločitev o posameznem vprašanju pa je nujna, lahko Skupščina Skupnosti odloča na dopisni seji. Odločitev na dopisni seji je sprejeta, če več kot polovica članov v določenem roku pisno sporoči, da se s predlogom strinja. Izjema je sprejem novih članic, kjer glasovanje o sprejemu poteka v skladu z 10. členom.
O dopisni seji se sestavi zapisnik.