Vodnogospodarska javna služba se financira z javnimi sredstvi, s prihodki doseženimi z lastnim poslovanjem javnih podjetij in gospodarskih družb, s sredstvi namenskih dotacij in subvencij, s sofinanciranjem posameznih investitorjev za izgradnjo vodnogospodarskih objektov in naprav in drugimi sredstvi na podlagi zakona.
Javna sredstva se zagotavljajo v skladu z zakonom o izvrševanju proračuna Republike Slovenije.