Zavod organizira, v skladu z normativi in standardi, svetovalno službo, ki svetuje učencem in staršem ter sodeluje z učitelji in vodstvom šole pri načrtovanju, spremljanju in evalvaciji razvoja zavoda ter pri opravljanju vzgojno-izobraževalnega dela in poklicnega svetovanja.
Pri opravljanju poklicnega svetovanja se svetovalna služba povezuje z Republiškim zavodom za zaposlovanje.
Svetovalna služba sodeluje pri pripravi in izvedbi individualiziranih programov za otroke s posebnimi potrebami. Delo svetovalne službe opravljajo svetovalni delavci, ki so psihologi, pedagogi, socialni delavci, socialni pedagogi in defektologi.