Svet javne agencije ima devet članov.
Člane sveta javne agencije imenuje Vlada Republike Slovenije na predlog ministra, pristojnega za regionalni razvoj, za dobo petih let z možnostjo ponovnega imenovanja.
Člani sveta javne agencije so:
Kot predstavniki uporabnikov storitev javne agencije po zakonu o javnih agencijah se štejejo predstavnik Gospodarske zbornice Slovenije, Obrtne zbornice Slovenije in predstavnika regionalnih interesov.
Predstavniki uporabnikov se imenujejo na predlog Gospodarske zbornice Slovenije, Obrtne zbornice Slovenije in Gospodarskega Združenja regionalnih razvojnih agencij. Kot predstavnika regionalnih interesov se v svet javne agencije imenujeta osebnosti z javnim ugledom iz regij A ali B ter C ali D, skladno z Navodilom o prednostnih območjih dodeljevanja spodbud, pomembnih za skladni regionalni razvoj (Uradni list RS, št. 44/01).
Predsednika sveta izvoli svet javne agencije izmed svojih članov na predlog državnega organa, pristojnega za regionalni razvoj. Mesto predsednika ali podpredsednika sveta javne agencije zasede predstavnik državnega organa, pristojnega za področje regionalnega razvoja.
Član sveta javne agencije je lahko predčasno razrešen na njegovo pisno prošnjo ali, če ne izpolnjuje nalog, določenih v zakonu in tej uredbi.