Strokovni organ zavoda je strokovni kolegij. Šteje devet članov, ki jih na predlog direktorja zavoda imenuje svet zavoda izmed strokovnih delavcev zavoda in zunanjih strokovnjakov s področja dela zavoda.
Predsednika svetov območnih enot zbornice sta člana strokovnega kolegija.
Predsednik sveta zavoda je član strokovnega kolegija po funkciji.
Strokovni kolegij obravnava strokovna vprašanja s področja dela zavoda, odloča o strokovnih vprašanjih razvoja kmetijstva v regiji v okviru pooblastil, določa strokovne podlage za programe razvoja zavoda in kmetijstva v regiji.