Organ upravljanja zavoda je svet zavoda, ki ga sestavlja sedem članov od katerih je eden predsednik.
Predsednika in tri člane sveta zavoda imenuje ustanovitelj, tako da je eden od njih predstavnik Slovenske nacionalne komisije za UNESCO; enega člana izvolijo izmed sebe delavci zavoda, enega člana imenuje pristojna občina, enega člana imenujejo skupaj prebivalci naselij Matavun, Škocjan in Betanja.
Mandat članov sveta zavoda traja štiri leta, po preteku mandata so lahko ponovno izvoljeni.