Med izvajanjem programov zavod nadzira kakovost njihovega izvajanja in spoštovanje pogodbenih določil ter namenskost porabe sredstev.
Zavod izvaja nadzor tako, da spremlja kakovost programov, z merjenjem zadovoljstva udeležencev programov, s sodelovanjem pri zaključnih izpitih in z evalvacijami.
Za izvajanje nadzora lahko zavod pooblasti tudi druge usposobljene izvajalce.