Zavod upravlja s sredstvi, ki so mu dana v upravljanje, ne more pa s pravnimi posli odtujiti nepremično premoženje ali le-to obremeniti s stvarnimi ali drugimi bremeni brez soglasja ustanovitelja.
Sredstva, ki jih ustanovitelj izkazuje kot namensko premoženje JSS, postanejo sredstva v upravljanju.
Zavod odgovarja za svoje obveznosti s sredstvi, s katerimi razpolaga.
Zavod lahko upravlja tudi z drugim premoženjem, premičnim in nepremičnim, ob predhodnem soglasju ustanovitelja. Zavod je dolžan upravljati s premoženjem kot dober gospodar. Gospodarjenje z nepremičninami nadzira ustanovitelj.