Presežek prihodkov nad odhodki se uporablja za razvoj in izvajanje dejavnosti zavoda, povečanje kvalitete dela, za rezerve in druge z zakonom dovoljene namene Upravni odbor na podlagi letnega poročila, sprejme vsako leto odločitev o namenih porabe presežka prihodka nad odhodki.
V primeru presežka odhodkov nad prihodki (primanjkljaja) mora direktor zavoda pripraviti analizo vzrokov in predlog za odpravo. Na tej podlagi upravni odbor, v soglasju z ustanoviteljem, sprejme program za odpravo primanjkljaja in odloči o načinu njegovega pokrivanja.