Prostori medicinskega laboratorija morajo biti dovolj prostorni in urejeni tako, da delo poteka neovirano, varno in kakovostno. Kjer je potrebno, morajo biti posamezni prostori ustrezno funkcijsko ali fizično ločeni.
Medicinski laboratorij mora imeti najmanj naslednje prostore:
Prostori so lahko skupni z izvajalci drugih dejavnosti, vendar morajo v vsakem primeru ustrezati postopkom, ki se izvajajo, zagotavljati morajo udobje zaposlenim in najmanjšo možno mero poškodb in poklicnih bolezni. Prostori morajo izpolnjevati sanitarno tehnične pogoje.
Dostop do vseh prostorov in njihova uporaba morata biti nadzorovana in urejena v skladu z njihovim namenom. Posebej morajo biti opredeljeni pogoji za vstop oseb, ki niso zaposlene v medicinskem laboratoriju in za vstop izven rednega delovnega časa. Pogoje za vstop in obseg nadzora določi vodja glede na potrebe in značilnosti medicinskega laboratorija.
Prostor, ki ga medicinski laboratorij uporablja za odvzem vzorcev, mora biti prilagojen pacientovim potrebam in varovanju njegove zasebnosti.
Medicinski laboratorij mora določiti in obvladovati vplive iz okolja (npr. temperatura, vlaga, prezračevanje, viri električne energije, hrup, vibracije, osvetlitev), ki bi lahko vplivali na kakovost rezultatov preiskav.
Prostore medicinskega laboratorija je potrebno redno vzdrževati in čistiti.