Stroške transporta in stroške obdelave odpadne vode in gošč iz greznic ter muljev iz malih komunalnih čistilnih naprav ter stroške obratovanja in kontrole obratovanja naprav iz 41. do vključno 44. člena krije uporabnik, oziroma povzročitelj onesnaženja.
Prve meritve in obratovalni monitoring zagotavlja izvajalec javne službe za celotno območje, kjer izvaja javno službo, ne glede na to, ali malo komunalno čistilno napravo vzdržuje sam, v okviru storitev javne službe, ali z njo upravlja druga oseba.