Vodja odgovarja za izvrševanje nalog, ki spadajo v krajevno pristojnost posamezne občine ustanoviteljice, županu in direktorju občinske uprave te občine, za delo Medobčinskega inšpektorata v celoti pa skupaj vsem županom občin ustanoviteljic.
Vodja predstavlja in zastopa Medobčinski inšpektorat, organizira opravljanje nalog, odloča v upravnih zadevah iz pristojnosti uprave ter izvaja vse druge naloge, ki so potrebne za zagotovitev pravočasnega in strokovnega dela.