Pri izvrševanju upravnih nalog nastopa organ Medobčinskega inšpektorata kot organ tiste občine, v katere krajevno pristojnost zadeva spada.
Medobčinski inšpektorat mora pri izvrševanju svojih nalog ravnati po usmeritvah župana in direktorja občinske uprave občine ustanoviteljice, v katere krajevno pristojnost zadeva spada oziroma, za katero izvršuje nalogo, glede splošnih vprašanj organiziranja in delovanja organa skupne občinske uprave pa po skupnih usmeritvah vseh županov občin, ki so organ skupne občinske uprave ustanovile.
Za škodo, povzročeno z nezakonitim delom zaposlenega v organu Medobčinskega inšpektorata odgovarjajo solidarno občine, ki so organ ustanovile.
O izločitvi predstojnika organa Medobčinskega inšpektorata ali zaposlenega v občinski upravi odloča direktor občinske uprave, v katere krajevno pristojnost zadeva spada, ki v primeru izločitve predstojnika o stvari tudi odloči.