Komisija lahko daje mnenje in opredelitve do posameznih medicinsko etičnih vprašanj ministru, Zdravstvenemu svetu, zbornicam ali drugim organom tudi na lastno pobudo.
Komisija lahko glede določenih vlog za mnenja o etični neoporečnosti raziskav iz svoje pristojnosti zaprosi za mnenje področne komisije za medicinsko etiko, ki jih lahko ustanovijo posamezni večji zdravstveni zavodi. Področne komisije o svojem delu in odločitvah poročajo komisiji.
Komisija sodeluje s pravno-etično komisijo pri Zdravniški zbornici Slovenije in z drugimi sorodnimi organi.