Obračun čiščenja se vrši mesečno, po ceni čiščenja za m3 industrijske odpadne vode (variabilni del), izračunani v letni odločbi za posameznega zavezanca za izvajanje obratovalnega monitoringa odpadnih vod, ter mesečni količini porabljenih m3 vode in po ceni omrežnine za čiščenje komunalne odpadne vode (fiksni del).
Uporabniki, ki uporabljajo vodo iz javnega vodovoda, plačujejo čiščenje industrijske odpadne vode (variabilni del) v enaki količini in v enakih obdobjih kot porabljeno pitno vodo.
Uporabniki, ki z lastnimi objekti in napravami izkoriščajo vodne vire, plačujejo čiščenje industrijske odpadne vode (variabilni del) v enaki količini, kot je izmerjena količina zajete vode.