Zdravstveni zavod upravljajo člani delovne skupnosti neposredno in po organih, katerim poverijo določene funkcije upravljanja.
Organi upravljanja zavoda so: svet, upravni odbor in direktor.
S statutom zavoda se lahko določijo tudi posebni nadzorni in strokovni organi zdravstvenega zavoda.
Pri upravljanju zadev, ki so posebnega družbenega pomena, sodelujejo v organih upravljanja zdravstvenega zavoda tudi predstavniki družbene skupnosti.