Živali v karantenskem objektu morajo biti razporejene tako, da so skupaj živali iz istega vozila ali pošiljke. Veterinarski inšpektor lahko izjemoma dovoli drugačno razporeditev živali. V času trajanja karantene se živali brez dovoljenja veterinarskega inšpektorja ne smejo premeščati.
Če so v času trajanja karantene v isti objekt vhlevljene nove živali, se živali, ki so bile že v karanteni, po opravljenih preiskavah novoprispelih živali oddajo le v zakol, vendar le pod pogojem, da v tem času niso kazale znakov bolezni iz tretje skupine kužnih bolezni. Karantena za novo vhlevljene živali se podaljša do njihovega zakola, tudi če so bili rezultati predpisanih preiskav negativni. Tak objekt mora imeti urejeno ločeno zbiranje gnoja za že vhlevljene in za novo vhlevljene živali.
Pooblaščena veterinarska organizacija mora napraviti seznam prispelih živali takoj po vhlevljenju. Živali morajo biti predpisano označene.