Z ustanovitvijo zavoda postanejo Ljubljanski regionalni zavod za varstvo naravne in kulturne dediščine, Medobčinski zavod za varstvo naravne in kulturne dediščine Piran, zavodi za varstvo naravne in kulturne dediščine Celje, Kranj, Maribor, Nova Gorica, Novo mesto in Restavratorski center Republike Slovenije organizacijske enote zavoda tako, da se pripojijo k zavodu, ki postane njihov pravni naslednik in prevzame njihove pravice in obveznosti.
Z vpisom organizacijskih enot zavoda iz prejšnjega odstavka v sodni register prenehajo obstajati Ljubljanski regionalni zavod za varstvo naravne in kulturne dediščine, Medobčinski zavod za varstvo naravne in kulturne dediščine Piran, zavodi za varstvo naravne in kulturne dediščine Celje, Kranj, Maribor, Nova Gorica, Novo mesto in Restavratorski center Republike Slovenije in se izbrišejo iz sodnega registra.
Z dnem ustanovitve zavoda preidejo v njegovo sestavo vsi delavci Restavratorskega centra Republike Slovenije in tisti delavci zavodov iz prejšnjega odstavka, ki opravljajo naloge varstva kulturne dediščine. Na podlagi sporazuma med ministrom za okolje in prostor in ministrom za kulturo preidejo v zavod začasno, do ustanovitve javnega zavoda, ki bo opravljal javno službo ohranjanja narave, tudi delavci, ki opravljajo naloge na področju varstva naravne dediščine v zavodih iz prejšnjega odstavka, kot samostojna organizacijska enota.
Zavod prevzame sredstva za delo, inventar in opremo Restavratorskega centra Republike Slovenije in začasno, do ustanovitve javnega zavoda, ki bo opravljal javno službo ohranjanja narave, vsa sredstva za delo, inventar in opremo, ki jo uporabljajo delavci zavodov iz prvega odstavka.
Zavod prevzame dokumentacijo, arhiv in nedokončane zadeve Restavratorskega centra Republike Slovenije in začasno, do ustanovitve javnega zavoda, ki bo opravljal javno službo ohranjanja narave, dokumentacijo, arhiv in nedokončane zadeve, ki se nanašajo na opravljanje nalog varstva zavodov iz prvega odstavka.
V roku šestih mesecev od ustanovitve tega javnega zavoda Ministrstvo za kulturo ter Ministrstvo za okolje in prostor sporazumno uredita dokončen prenos sredstev za delo, inventarja, opreme, arhiva, in nalog iz tretjega in četrtega odstavka tega člena.