Strokovna komisija v roku 15 dni po prejemu poročila komisije za odpiranje vlog, ovrednoti programe glede na objavljene kriterije v razpisu ter pripravi poročilo. Poročilo strokovne komisije mora vsebovati tudi obrazložitev vsebinskih razlogov za predlagano odobritev ali zavrnitev posameznega programa. Iz obrazložitve mora biti razvidna povezava med kriteriji razpisa in razlogi za predlagano zavrnitev ali odobritev.
Pristojni oddelek po prejemu poročila strokovne komisije lahko obvesti vlagatelje o dejstvih in okoliščinah, pomembnih za izdajo upravnega akta. Vlagatelju določi tudi rok, do katerega ima možnost, da se izjavi o obvestilu. Obvestilo vlagatelju vsebuje predlog strokovne komisije. Obvestilo vlagatelju in izjava o obvestilu sta lahko v pisni ali elektronski obliki.
Strokovna komisija obravnava v roku prispele izjave vlagateljev in oblikuje končni predlog sofinanciranja programov.
Končni predlog strokovne komisije vsebuje: