(1)
Zavod vodi računovodstvo skladno z zakonom, ki ureja gospodarske družbe, in slovenskimi računovodskimi standardi ter pravilnikom o računovodstvu.
(2)
Zaradi usklajevanja računovodskih podatkov z državnim proračunom zavod vodi tudi posebno knjigovodsko evidenco proračunskih prihodkov po načelu plačane realizacije.