Organizacija zavoda: Zavod sestavljajo organizacijske enote (OE): Oddelek skupnih služb (upravna služba, finančna služba, prezentacijska služba, služba stikov z javnostmi, vzdrževalno-tehnična služba), Kustodiati (kustodiat za arheologijo, kustodiat za etnologijo, kustodiat za zgodovino in spremljanje sodobnosti, kustodiat za kulturno zgodovino in kustodiat za umetnostno zgodovino), Oddelek za galerijsko dejavnost, Center za kulturno dediščino Gorenjske (informacijsko-dokumentacijska služba, konservatorsko-restavratorska služba, depojska služba), Galerija Prešernovih nagrajencev, Muzeji v Občini Bohinj.
Program Galerije Prešernovih nagrajencev za likovno umetnost sprejema umetniški svet, ki ga na predlog uprave ustanovitelja imenuje župan za mandat 5 let. Umetniški svet sestavljajo: vodja galerije, predstavnik ustanovitelja, predstavnik muzeja. Vodjo galerije imenuje direktor zavoda in z njim sklene ustrezno pogodbo.