Šolnina se plačuje na univerzah oziroma neposredno na posamezni visokošolski ali drugi organizaciji, ki na tej podlagi izda tujemu državljanu potrdilo o plačilu.
80% šolnine se nameni izvajalcu študija oziroma strokovnega izpopolnjevanja, 20% pa je namenjenih za zagotavljanje obveznega zdravstvenega zavarovanja ter za ohranjanje in rezervacije kapacitet v okviru posteljnega fonda v Študentskih domovih, s katerimi razpolaga Ministrstvo za šolstvo in šport.
Razdelitev tega dela šolnine potrjuje Ekspertna skupina za mednarodno sodelovanje pri Ministrstvu za šolstvo in šport.
Univerzi oziroma visokošolske ali druge organizacije so dolžne voditi posebno evidenco o plačilu šolnin ter o tem seznanjati Ekspertno skupino iz prejšnjega odstavka.