Strokovne skupine s pomočjo sekretarja strokovne skupine in služb ministrstva ocenijo predloge projektov v mesecu dni po prejemu dokumentacije iz prejšnjega člena.
Strokovne skupine si same določijo način izvedbe svojega dela. K delu lahko za presoje posameznih predlogov projektov ali določenih vidikov za več projektov izjemoma in z odobritvijo ustreznih vodij služb ministrstva pritegnejo dodatne strokovnjake. Prav tako lahko, po lastni odločitvi, z izvajalci opravijo pojasnilne pogovore.
Strokovna skupina opravi delo s tem, da prek sekretarja skupine poda vodji ustrezne programske organizacijske enote ministrstva pisno poročilo o svojem delu ter predlog izbora projektov z njihovim okvirnim financiranjem in z njihovim prioritetno rangiranim seznamom kot strokovno osnovo za oblikovanje programov ministrstva.
V pisnem poročilu iz prejšnjega odstavka morajo biti posebej obrazloženi vsebinski razlogi za predlog zavrnitve posameznih projektov oziroma programov.