Sekretar strokovne skupine v skladu z navodili in sklepi, ki veljajo za nadomestila za delo v primerljivih telesih državne uprave, izdela predlog za plačilo honorarjev članom in vodji strokovne skupine in ga preda generalnemu sekretarju ministrstva, ki zagotovi izplačila.
Vodje programskih organizacijskih enot ministrstva predajo poročila strokovnih skupin pristojnemu državnemu sekretarju in ministru. K poročilom pisno dodajo svoja zapažanja in priporočila za oblikovanje programov in financiranje projektov.