Izvršni odbor je izvršilni organ zbornice in vodi delo zbornice v skladu s statutom in drugimi akti zbornice. Izvršni odbor ima 12 članov.
Predsednik zbornice je član izvršnega odbora po položaju, 11 članov pa se izvoli izmed kandidatov javnih lekarniških zavodov, fizičnih in pravnih oseb s koncesijo za izvajanje lekarniške dejavnosti ter bolnišničnih lekarn.
Število članov izvršnega odbora po strukturi iz prejšnjega odstavka določi izvršni odbor pred volitvami na osnovi števila glasov v skupščini.