Zbornica ima sekretarja, ki vodi in organizira delo strokovne službe zbornice, jo na podlagi pooblastila izvršnega odbora zastopa v premoženjskih in drugih pravnih poslih, izdaja akte v upravnem postopku na podlagi odločitev organov zbornice, odgovarja za izvajanje sklepov organov zbornice in je odredbodajalec za izvajanje sprejetega finančnega načrta.
Sekretarja imenuje izvršni odbor s soglasjem predsednika na podlagi opravljenega razpisa za mandatno dobo štirih let.
Za sekretarja zbornice je lahko imenovana oseba, ki ima univerzitetno izobrazbo, ima najmanj 5 let delovnih izkušenj na odgovornih delovnih mestih, organizacijske sposobnosti, pozna lekarniško in zdravstveno problematiko in zakonodajo ter obvlada vsaj en svetovni jezik.