Univerza praviloma organizira podiplomski študij v okviru centra za podiplomske študije na nivoju univerze, katerega delovanje uredi s splošnim aktom.
Študijske programe za pridobitev specializacije in magisterija ter programe za pridobitev doktorata znanosti sprejemajo in izvajajo fakultete na področjih tistih znanstvenih disciplin, na katerih temeljijo njihovi dodiplomski univerzitetni in strokovni študijski programi.
Študijske programe za pridobitev specializacije sprejemajo in izvajajo tudi visoke strokovne šole na področjih znanstvenih disciplin, na katerih temeljijo njihovi študijski programi.