Direktorja imenuje ustanovitelj na podlagi javnega razpisa za dobo pet let z možnostjo ponovnih imenovanj. Poleg javnega razpisa lahko ustanovitelj javnega zavoda povabi posamezne kandidate tudi neposredno.
Pred imenovanjem direktorja ustanovitelj pridobi mnenje k imenovanju direktorja s strani sveta in strokovnega sveta javnega zavoda. Če svet ali strokovni svet ne podata mnenja v roku 30 dni, se šteje, da je mnenje pozitivno.
Če je bil direktor pred svojim imenovanjem zaposlen v zavodu za nedoločen čas, se po prenehanju funkcije premesti v skladu s sistemizacijo delovnih mest in kadrovskim načrtom na prosto delovno mesto, ki ustreza njegovi strokovni izobrazbi in za katero izpolnjuje predpisane pogoje.