Mandat pomočnika direktorja traja za čas trajanja mandata direktorja in se lahko ponovi. Delovno razmerje pomočnika direktorja se sklene za določen čas.
Delavca, ki je bil pred imenovanjem za pomočnika direktorja zaposlen v zavodu za nedoločen čas, se po prenehanju funkcije premesti v skladu s sistemizacijo delovnih mest in kadrovskim načrtom na prosto delovno mesto, ki ustreza njegovi strokovni izobrazbi in za katero izpolnjuje predpisane pogoje.
Pomočnik direktorja je lahko razrešen pred potekom mandata iz istih razlogov kot direktor. Pomočnika direktorja razreši direktor na podlagi predhodnih mnenj sveta in strokovnega sveta. Svet in strokovni svet morata mnenji izdati v 30 dneh, sicer se šteje, da je mnenje pozitivno.
Pred sprejemom sklepa o razrešitvi, mora direktor seznaniti pomočnika direktorja o razlogih za razrešitev in mu dati možnost, da se v roku 15 dni o njih izjavi.
Pomočniku direktorja lahko predčasno preneha mandat tudi v primeru predčasnega prenehanja mandata direktorju. O tem sprejme sklep novo imenovani direktor.
Pomočnik direktorja odgovarja direktorju za strokovnost in zakonitost dela.