Univerza ima največ pet prorektorjev, ki so zadolženi za pripravo strateških usmeritev in razvoj dejavnosti univerze, tako da so zastopana različna področja univerze.
Prorektorje imenuje rektor. Novoizvoljeni rektor mora najkasneje na seji Senata UL, kjer Volilna komisija poroča o izidu volitev rektorja, javno predstaviti prorektorje. Rektor mora pri izbiri prorektorjev slediti raznoliki in enakopravni zastopanosti področij, ki jih gojijo članice UL, in si prizadevati k uravnoteženi zastopanosti po spolu. Senat UL na podlagi predloga rektorja potrdi kandidate za prorektorja.
Prorektor je redni profesor, ki je na univerzi zaposlen s polnim delovnim časom. Prorektor ne sme biti zaposlen na članici, s katere prihaja rektor.
Mandat prorektorja je vezan na mandat rektorja. Rektor lahko razreši prorektorja pred iztekom njegovega mandata.