Rektorja univerze volijo vsi visokošolski učitelji, znanstveni delavci in visokošolski sodelavci, ki so na univerzi zaposleni. Volilno pravico imajo tudi študentje, in sicer eno petino od glasov vseh visokošolskih učiteljev, znanstvenih delavcev in visokošolskih sodelavcev, ki so na univerzi zaposleni.
Rektor univerze je izvoljen za dobo štirih let, vendar največ dvakrat zaporedoma.
Način izvolitve rektorja v skladu s statutom in zakonom se podorbneje določi s Pravilnikom o volitvah rektorja Univerze v Mariboru.