Univerzitetno upravo vodi glavni tajnik univerze, ki ga po javnem razpisu in predhodnem mnenju Senata univerze imenuje rektor univerze za dobo štirih let in je lahko po enakem postopku ponovno imenovan.
Glavni tajnik univerze odgovarja za svoje delo rektorju univerze.
Glavni tajnik univerze ima pomočnike oziroma predstojnike, ki jih imenuje rektor univerze na predlog glavnega tajnika za posamezna delovna področja.