Podružnična šola ima vodjo. Za vodjo podružnične šole je lahko imenovan, kdor izpolnjuje pogoje za delo učitelja in ima najmanj pet let naziv mentor. Vodjo podružnične šole imenuje in razrešuje ravnatelj izmed delavcev podružnične šole.
Vodja podružnične šole opravlja delo učitelja, organizacijske naloge v podružnični šoli in druge naloge, ki jih določi ravnatelj z opisom delovnega mesta vodje podružnične šole v aktu o sistemizaciji delovnih mest in za katere ga pisno pooblasti.