Zavod pridobiva sredstva za delo iz javnih sredstev, sredstev ustanovitelja, prispevkov učencev, sredstev od prodaje storitev in izdelkov, ter iz donacij, prispevkov sponzorjev ter iz drugih virov.
Vsa sredstva, potrebna za delo Podružnične osnovne šole v Centru za zdravljenje bolezni otrok, pridobiva OŠ Šentvid pri Stični iz proračuna Republike Slovenije. Prihodki in odhodki za to podružnično šolo se v internih računovodskih bilancah vodijo ločeno.
Presežek prihodkov nad odhodki, ki jih zavod pridobi s prodajo proizvodov oziroma storitev, ustvarjenih z opravljanjem vzgoje in izobraževanja oziroma z opravljanjem drugih dejavnosti v skladu s tem odlokom, se uporablja za plačilo materialnih stroškov, ter investicijsko vzdrževanje in investicije. Presežek se lahko porabi tudi za nadstandardne programe in/ali za delovno uspešnost zaposlenih, vendar v skladu z zakonskimi in podzakonskimi določili, ter s predhodnim soglasjem ustanovitelja. Za delitev presežka prihodkov nad odhodki v zavodu za delovno uspešnost se uporabljajo zakonski in podzakonski predpisi, ki oblikujejo plače v javnem sektorju.
Primanjkljaj prihodkov, ki v zavodu nastane pri izvajanju medsebojno dogovorjenega programa iz osnovnih dejavnosti, upoštevajoč dogovorjena merila, kriterije ter normative in standarde, ki veljajo za področja dejavnosti zavoda, krije ustanovitelj oziroma država, za šolo v Centru za zdravljenje bolezni otrok pa izrecno država.
Zavod je dolžan uporabljati sredstva v skladu z namenom, za katerega so mu bila dodeljena.