Zavod organizira v skladu z normativi in standardi, svetovalno službo, ki svetuje učencem in staršem ter sodeluje z učitelji in vodstvom šole pri načrtovanju, spremljanju in evalvaciji razvoja zavoda ter pri opravljanju vzgojno izobraževalnega dela in poklicnega svetovanja.
Delo svetovalne službe opravljajo svetovalni delavci, ki so psihologi, pedagogi, socialni delavci, socialni pedagogi in defektologi.
Pri opravljanju poklicnega svetovanja se svetovalna služba povezuje z Republiškim zavodom za zaposlovanje.