Delo inštituta vodi predstojnik, ki ga imenuje dekan, po predhodno pridobljenem soglasju senata. Mandat predstojnika inštituta je dve leti in je lahko ponovno imenovan. Predstojnik inštituta mora imeti opravljen doktorat znanosti. Za svoje delo je odgovoren dekanu.
Predstojnika inštituta lahko dekan razreši predčasno, če ne želi več opravljati funkcije, če ne more več opravljati funkcije ali če ne opravlja funkcije.
S sklepom o ustanovitvi inštituta se določi namen njegove ustanovitve. Inštitut ukine senat na predlog dekana, če ugotovi, da ni več pogojev za delo inštituta.
Znanstveno-raziskovalna in razvojna dejavnost posameznega inštituta je stroškovno ločena od ostalih dejavnosti FZAB. Delo inštitutov usklajuje prodekan za raziskovanje in razvoj.