Senat (za področje pedagoške, izobraževalne in raziskovalne dejavnosti) in upravni odbor (za področje upravne dejavnosti) lahko na predlog dekana ustanovita nove oddelke ali ukineta delovanje obstoječih oddelkov ali ustanovljen oddelek spremenita. Za ustanovitev, spremembo ali ukinitev oddelka je potrebna večina glasov vseh članov senata oziroma upravnega odbora.
Sklep o ustanovitvi novega oddelka sprejme senat (oziroma upravni odbor) na predlog dekana z večino glasov vseh članov. Enak postopek je predviden za ukinitev oddelka.