Za postopek izvedbe javnega razpisa za (so)financiranje in spremljanje izvajanja mednarodnega znanstvenega sodelovanja se uporabljajo določbe pravilnika, ki ureja postopke (so)financiranja in spremljanja izvajanja raziskovalne dejavnosti, kolikor s tem pravilnikom ta vprašanja niso drugače urejena.
Evalvacijski postopek v skladu z razpisnimi pogoji in metodologijo ocenjevanja prijav za (so)financiranje raziskovalne dejavnosti vodi strokovna komisija za ocenjevanje (v nadaljnjem besedilu: komisija), ki jo imenuje direktor agencije. Komisijo sestavljajo predsednik in najmanj dva člana. Skupaj s predsednikom in člani komisije so lahko imenovani tudi njihovi namestniki.
Komisija v skladu z javnim razpisom in metodologijo ocenjevanja prijav za (so)financiranje raziskovalne dejavnosti pripravi predlog sklepa o izboru prijav za (so)financiranje. Sklep o izboru prijav za (so)financiranje sprejme upravni odbor agencije.