Nosilec monitoringa zagotovi strokovni odvzem vzorcev. Metodologija vzorčenja pitne vode in virov pitne vode je opredeljena v prilogi III, ki je sestavni del tega pravilnika.
Vzorčevalec na mestu odvzema vzorcev izpolni zapisnik o odvzemu vzorca, v skladu s pravilnikom o zdravstveni ustreznosti pitne vode. V zapisnik se zapišejo tudi podatki o rezultatih analiz in opazovanj v času vzorčenja ter informacije o vseh odstopanjih od dogovorjenih in dokumentiranih postopkov.
Ne glede na standarde iz priloge III, je treba pri predaji oziroma prevzemu vzorcev pri izvajalcu, preveriti skladnost podatkov in informacij, ki so zapisani na zapisniku o vzorčenju, z dejanskim stanjem vzorcev v času predaje oziroma prevzema.
Pri prevzemu se vzorec označi na nedvoumen način z identifikacijsko (laboratorijsko) številko.
Vzorec se mora v laboratoriju hraniti pod pogoji, ki v času izvajanja preiskave zagotavljajo nespremenjeno fizikalno kemijsko stanje vzorcev in nespremenjene vsebnosti preiskovanih sestavin.