Sekretariat SNAV, ki ga imenuje vlada, operativno usklajuje aktivnosti za delovanje SNAV, skrbi za izvedbo usklajenih stališč SNAV ter opravlja druge naloge za SNAV. Strokovna in administrativno-tehnična dela za sekretariat SNAV opravlja služba, ki jo določi vlada.
Sekretariat SNAV sestavljajo:
-
direktor SOVE, ki vodi sekretariat,
-
generalni direktor Policije,
-
načelnik Generalštaba Slovenske vojske,
-
direktor Obveščevalno varnostne službe pri Ministrstvu za obrambo,
-
državni sekretar, ki ga določi minister za zunanje zadeve,
-
direktor Službe Vlade Republike Slovenije za zakonodajo,
-
direktor Urada Republike Slovenije za preprečevanje pranja denarja,
-
direktor Urada za varovanje tajnih podatkov,
-
svetovalec predsednika vlade za zunanjo politiko,
-
poveljnik štaba Republike Slovenije za civilno zaščito,
-
svetovalec predsednika vlade za nacionalno varnost oziroma oseba, ki jo določi.