Sekretariat SNAV, ki ga imenuje vlada, operativno usklajuje aktivnosti za delovanje SNAV, skrbi za usklajeno izvedbo stališč SNAV ter opravlja druge naloge za SNAV. Strokovna in administrativno-tehnična dela za sekretariat SNAV opravlja služba, ki jo določi vlada.
Sekretariat SNAV sestavljajo:
-
direktor SOVE, ki vodi sekretariat,
-
generalni sekretar vlade,
-
generalni direktor Policije,
-
načelnik Generalštaba Slovenske vojske,
-
generalni direktor Obveščevalno-varnostne službe Ministrstva za obrambo,
-
državni sekretar v Ministrstvu za zunanje zadeve,
-
državni sekretar v Ministrstvu za obrambo,
-
državni sekretar v Ministrstvu za notranje zadeve,
-
poveljnik Civilne zaščite Republike Slovenije,
-
direktor Službe Vlade Republike Slovenije za zakonodajo in
-
svetovalec predsednika vlade za nacionalno varnost oziroma oseba, ki jo določi.