Pri gradbenih delih je treba vhod v jamo nad Škrinjarico (v km 1,800) in njeno bližnjo okolico fizično zaščititi. Ohraniti je treba okoliško vegetacijo (najmanj v okolici 10–20 m), zlasti grmovje.
Pred zasipavanjem je treba fizično zaščititi z leseno ali kamnito ograjo tudi jamo Podstupec (km 3,5 ob deviaciji magistralne ceste) in jamo Majekavc (km 5,5). Tudi za druge jame (jama Zakožlovec med km 1,5 in 2,0) in na novo odkrite jame velja, da se ne smejo zasipavati z odvečnim materialom in smetmi.
Investitor mora zagotoviti speleološki pregled širšega območja z vsemi priključki in deviacijami cest. Speleološki pregled mora vsebovati pregled vseh že dokumentiranih, človeku dostopnih podzemnih kraških pojavov (jam in brezen) in dokumentacijo ter tudi načrt vseh ob pregledu terena na novo odkritih objektov. Če kateri od na novo odkritih objektov ustreza merilom za najpomembnejšo naravno dediščino Slovenije, je treba preprečiti uničenje. Speleološki pregled opravi za to usposobljena organizacija, ki mora dokumentacijo posredovati Ministrstvu za okolje in prostor – Upravi RS za varstvo narave.
Ker se pri zemeljskih delih zaradi kamninske sestave območja lahko odkrijejo nahajališča fosilov, je potreben občasen nadzor zemeljskih del. Ob fosilnih najdbah je treba obvestiti strokovno organizacijo (Uprava RS za varstvo narave ali Prirodoslovni muzej Slovenije), ki najdbo predstavi na mestu samem. Če pa to ni mogoče, se najdba prenese v muzej.
Ker je območje floristično in favnistično slabo raziskano, je potreben izvedenski pregled trase AC, s katerim bodo ugotovljeni habitati ogroženih vrst. Na podlagi teh ugotovitev bodo med izdelavo projekta gradbenega dovoljenja dane natančnejše smernice za varstvo ogroženih vrst.
Investitor mora zagotoviti, da se celotna trasa pred posegom fotodokumentira (diapozitivi in film), predvsem vsa naravna dediščina in krajinske strukture, ki jih bo poseg spremenil. Fotodokumentiranje opravi Uprava RS za varstvo narave ali od nje pooblaščena ustanova.
Varstvo kulturne dediščine
Investitor mora zagotoviti izvedbo predhodnih arheoloških raziskav po metodologiji Skupine za arheologijo na avtocestah Slovenije, na podlagi katerih bodo določeni in posredovani natančnejši pogoji za varstvo arheološke dediščine. Investitor mora pred začetkom del zagotoviti foto in videoposnetke kulturne dediščine, izdelane po navodilih ZVNKD Nova Gorica.
Med gradnjo avtoceste niso dopustni nikakršni posegi v znana arheološka območja in druga varovana območja ter objekte kulturne dediščine.
Investitor mora zagotoviti tudi stalen arheološki nadzor nad zemeljskimi deli na celotni trasi avtoceste.
Investitor mora zagotoviti izvedbo zaščitnih izkopavanj potencialno odkritih najdišč, vključno z vsemi poizkopavalnimi postopki.
Arheološka območja, ugotovljena z ekstenzivnimi arheološkimi raziskavami, morajo biti pregledana in zemljišča sproščena pred začetkom gradnje avtoceste.