Nadzor nad delom centrov izvaja Komisija za nadzor nad delom centrov za preprečevanje in zdravljenje odvisnosti od prepovedanih drog (v nadaljnjem besedilu: nadzorna komisija), ki jo imenuje minister, pristojen za zdravstvo.
Nadzorno komisijo sestavljajo predstavniki Ministrstva za zdravstvo, Zdravniške zbornice Slovenije, Razširjenega strokovnega kolegija za psihiatrijo, Razširjenega strokovnega kolegija za splošno medicino in koordinacije centrov za preprečevanje in zdravljenje odvisnosti od prepovedanih drog.