Agencija najkasneje do 30. 9. tekočega leta se pripravi program dela in finančni načrt za prihodnje koledarsko leto in ga predloži Vladi Republike Slovenije v soglasje.
Če Vlada Republike Slovenije do 31. 12. ne da soglasja k finančnemu načrtu, se uporablja do izdaje soglasja finančni načrt za preteklo leto.
Če pridobljena finančna sredstva odstopajo od sredstev, planiranih v finančnem načrtu in je s tem ogroženo izvajanje dejavnosti agencije, direktor agencije o tem obvesti Vlado Republike Slovenije, pri čemer predlaga tudi ukrepe za pridobitev finančnih sredstev.
Agencija vodi poslovne knjige in izdeluje letna poročila v skladu z določili zakona o računovodstvu (Uradni list RS, št. 23/99 in 30/02). Agencija je dolžna enkrat letno predložiti letno poročilo, ki mora biti pripravljeno v skladu z določili zakona o javnih financah (Uradni list RS, št. 79/99, 124/00, 79/01, 30/02, 56/02 – ZJU in 110/02 – ZDT-B), v sprejem Vladi Republike Slovenije. Letno poročilo agencije mora pregledati pooblaščeni revizor, katerega mnenje priloži agencija k letnemu poročilu.
Nadzor nad zakonitostjo, namembnostjo, gospodarno in učinkovito rabo sredstev se opravlja v skladu z zakonom o Računskem sodišču Republike Slovenije, nadzor nad finančnim poslovanjem agencije pa se vrši v skladu z zakonom o javnih financah.