Notranja revizijska služba mora zagotoviti sistem notranjega, neodvisnega revizijskega nadzora v agenciji. Vodja notranje revizijske službe je za delo službe neposredno odgovoren direktorju agencije.
Notranja revizijska služba preverja, če je izvajanje postopkov, ki jih predpiše direktor agencije, skladno s programom SAPARD in finančnim sporazumom, ki ga skleneta Komisija Evropskih skupnosti in Republika Slovenija. Preverjanja so lahko omejena na izbrane ukrepe in na vzorce transakcij, če so v načrtu za revizijo v obdobju, ki ne presega tri leta, zajete vse pomembne naloge, vključno z nalogami, ki jih izvajajo pravne osebe, ki opravljajo prenesene naloge.
Delo službe za notranjo revizijo se opravlja v skladu z mednarodnimi revizijskimi standardi. Služba lahko daje direktorju agencije priporočila za odpravo ugotovljenih nepravilnosti. Direktor agencije določi postopke sprejemanja revizijskih načrtov in postopke poročanja notranje revizijske službe.
Revizijski načrti in poročila iz prejšnjega odstavka morajo biti na vpogled pooblaščenim delavcem nacionalnega sklada in uslužbencem Komisije Evropskih skupnosti, ki so pooblaščeni za opravljanje finančnih revizij.